Juan Perro, alter ego de Santiago Auserón, se dióa aconocer en la gira "Kiko Veneno y Juan Perro vienen dando el cante".
Como Juan Perro grabó en La Habana el álbum Raíces al viento (1995) y, posteriormente La huella sonora (1997), Mr. Hambre (2000, año en que gira también por México y los EEUU) y Cantares de vela (2002). Coproduce el segundo disco en solitario de Luis Auserón, El caos y el orden (1997). En la banda de Juan Perro colaboran habitualmente prestigiosos músicos de rock, jazz, flamenco y son.
Realiza colaboraciones en disco con numerosos artistas: Compay Segundo, Kiko Veneno, Raimundo Amador, La Barbería del Sur, Malevaje, Pau Riba, Carlos Cano, Pancho Amat, Guerrilla Gorila, Marina Rossell. Participa en el proyecto De Granada a la Luna (1998) en homenaje a Federico García Lorca. Compone las canciones para la obra Cacao de la compañía teatral Dagoll Dagom (2000), por la que obtiene el Premio Max de las Artes Escénicas (2001).
En colaboración con la revista Cuadernos de jazz, organiza La Fábrica de Tonadas, formación que reúne a destacados improvisadores (Jorge Pardo, Chano Domínguez, Jordi Bonell, Javier Colina y Marc Miralta), con la cual se presenta en diversos festivales de jazz a lo largo del año 2003.
Como Santiago Auserón y en colaboración con su hermano Luis Auserón, grabó el álbum Las Malas Lenguas en 2006, colección de versiones en español de temas clásicos del rock y el soul, y realizó una gira de conciertos entre 2005 y 2007.
Participó en el homenaje a Pau Riba, organizado por la revista Enderrock, con el grupo de Llibert Fortuny, en el Auditori de Catalunya. Participó, junto a destacados artistas españoles e internacionales, en los conciertos de homenaje a Leonard Cohen, registrados en el disco Acordes con Leonard Cohen publicado en 2007.
Junto a la Original Jazz Orquestra del Taller de Músics de Barcelona, desarrolló entre 2005 y 2007 el espectáculo Canciones de Santiago Auserón, con una selección del repertorio de Radio Futura y Juan Perro con arreglos de Enric Palomar.
En 2009 comienza una nueva gira con su alter ego Juan Perro, en su página web La Huella Sonora puedes descargarte 10 maquetas de lo que será su próximo trabajo.